Il Sistema internazionale di certificazione si finanzia principalmente attraverso i costi di licenza e i donatori istituzionali.

Le aziende pagano una licenza per l’Utilizzo del Marchio FAIRTRADE su ogni prodotto certificato Fairtrade. Tale licenza è raccolta dall’Organizzazione Nazionale Fairtrade (es. Fairtrade Italia) che corrisponde una quota a Fairtrade International per coprire le spese per l’elaborazione degli Standard e tutti i servizi globali, e per i Network dei produttori agricoli, i presidi Fairtrade in Africa, Asia e America Latina, per implementare programmi e fornire supporto alle organizzazioni.

In aggiunta Fairtrade accetta donazioni da partner, ad esempio agenzie per lo sviluppo governative, per portare avanti programmi per i produttori Fairtrade. La lista delle organizzazioni Partner di Fairtrade da cui Fairtrade ha ricevuto finanziamenti è disponibile su questo sito.

C’è inoltre un costo annuale pagato da produttori e aziende a FLOCERT per coprire i costi di certificazione come lo svolgimento degli audit.

Il bilancio integrale con le entrate e le uscite è disponibile nell'Annual Report di Fairtrade International.